提交国会的第一个法案承认女王为教会首脑。这个法案原先的拟定目的是解散修道院，现在是将十一税和初税归还给女王。这一点颇费周折。随后通过的法案将教会的至高权力附属于王权。

虽然女王的头衔不是“教会首脑”，而是“教会女监护人”，但她享有的权力跟父王和王兄作为“教会首脑”而享有的权力一样广泛。这时，全体主教列席上议院，极力反对。他们比平信徒上议员更博学，在辩论中占了上风；但上下两院大多数声音都反对他们。根据这个法案，君主无须国会或教务会议同意，就获得了处理全部教会事务的授权。君主可以镇压所有异端；确定或撤销任何教规；修订信纲中的一切条款；颁布或废止任何教仪或典礼。君主甄别异端的权力只有一种限制（如果这可以称为限制的话）：异端的鉴定由前四位枢密或任何枢密裁决；鉴定依据是《圣经》的科律，或是国会、教务会议此后通过的信纲。女王为了施行这种权威，依据法案中的一项条款获得授权：提名她认为合适的教士或新教信徒为甄别委员。

后来，教务委员会就以该条款为依据。这个委员会即使没有行使武断权力，至少享有巨大的自由裁量权，彻底逾越了宪法的明确边界。确实，这些国会议程只能与绝对君主政体相容。不过，议程完全吻合国会所定法案的精神。该法案将以前教皇自称享有的权力完全授予国王，但即使这些僭越王权的教会长老都从来不曾未经英国教士赞同，而充分行使过这种权威。

任何人只要拒绝宣誓承认女王的至高权力，就无权担任一切公职。任何人只要否认女王的至高权力，或是企图剥夺女王这一项特权，那么初犯没收全部动产，再犯苛以大不敬罪，第三次重犯以大逆罪论处。这些制裁虽然极其严厉，但较之女王父兄的类似法律，仍属宽容。

国会通过一项法律，确定爱德华一朝涉及宗教的所有法案均有效。主教提名权归还国王，不再由教会选举。女王获得授权：在任何主教辖区出缺时，执掌辖区一切事务。由此，主教选举与君主私授毫无区别。这种虚假的选举通常价值更低。结果，女王在宗教事务方面遵循改革派前例，开始掠夺教会的岁入。

主教以及所有圣俸领取者不得转让教区收益，出租教产不得超过二十一年或三代人。这项法律表面上保护教产，却准许王室例外，滥权因而盛行。本朝廷臣经常跟主教和圣俸领取者达成协议，假装将教产转让给女王，女王再转让给缔约人。这种掠夺教产的做法一直延续到詹姆斯一世初期。教会时乖命舛，饱受种种侵凌。俗人继续掠夺教产，直到教会一贫如洗，抢劫徒然招怨，得不偿失。

新教和天主教神学家在本届国会上严肃地争辩，掌玺大臣培根莅临辩论会。一如既往，王室教旨的辩护士大获全胜。天主教辩护士受到顽固倔强的判决，甚至面临牢狱之灾。新教徒受到这次胜利的鼓舞，大胆地推进最后也是最重要的步骤，向国会提交了废除弥撒的提案，恢复了爱德华国王的礼拜仪式。而且规定任何人偏离规定的祭拜模式，或是不参加教会与圣餐；都会受到惩罚。就这样，整个宗教制度在一届国会期间完全改变了，没有任何暴力、骚乱或喧闹。这一切都源于一位年轻女子的意志；她当时登基未久，许多人都认为她的王位资格容易面临严重的挑战。当时的人似乎因此事而大为惊诧；其实举国各地一开始获悉伊丽莎白继位时，就已经料到了这一天。

下议院还为女王作出了一项牺牲，难度高于批准任何宗教信条。他们投票通过一项补助金：对土地征收每镑四先令；对动产征收每镑两先令八便士；以及十五分之二税。国会在任何情况下，对女王始终毕恭毕敬、言听计从。他们甚至迫不及待地请求她：在国会闭幕前早择夫君。他们以为，就女王的性别和年龄而言，这个提议不应该不合她的心意。女王听取陈词，彬彬有礼，但不予接受。

她对发言人说：国会的诉求通常只能视为一般性建议，并非自居有权指示女王择夫；寡人无意冒犯建议者，深知议绅完全出于忠爱之忱，绝无他意。鉴于他们身为臣民，朕身为女性君侯，不受任何约束，他们不宜多加干预。即使不佞身居草野、危机四伏，也会认为婚约主要是一种负担。何况当前朕意在于：社稷之重，在予一身。此身已非已有，理应为宗教的利益和臣民的幸福而奉献。英格兰即朕之夫君，以身相许，金石弗渝（此刻，她展示指上金戒；见证她自继位之日，即已许身王国）。英伦四海臣工，皆朕赤子。哺育万民、治国如家，朕之分也。有民岂曰无子？许国何谓徒劳？不穀纵有家室之念，亦当以臣民福利为先。朕苟以童贞之身终老；赖上帝之福佑、诸卿之辅弼、寡人之庙算，仍可望大位有归、国本无虞。新君临御，或将有逾于寡君；慈惠爱民，不令本朝专美于前。寡人渺渺之身，流芳后世、名垂竹帛，非敢望也。朕之衷心所欲，不外乎委身大化之日，墓石有铭：“伊丽莎白长眠于此；童贞女王以童贞终一生。”

由于前一段时间疾疫流行，主教的人数已经减少到十四人。除了兰德费主教愿意服从之外，其他主教全体抗命，因此教区遭到剥夺。不过，英格兰全境有近一万个教区；愿意为宗教信念牺牲生计的低级神职人员只有八十名教区牧师和代理牧师、五十名受俸牧师、十五名学院院长、十二名会吏长和许多教务长。高级神职人员身在众目睽睽之下，为了维护荣誉，必须坚守不渝。不过大略而言，新教徒在玛丽以前推行的变革中更为严格、更多遵循自己的良心。天主教徒更多依赖感官、遵循共同的日常仪式；改革派主要着眼于精神、更接近形而上学体系，前者能更迅速地掌握心灵。不过，自宗教改革开始以来，新教徒一方蒸蒸日上，与其虔诚和博学成正比。天主教徒仍然愚昧而怠惰，奉行古老的信仰，或者不如说奉行古老的习惯做法。但改革派必须在方方面面发动论战，依靠标新立异和骚扰纠缠来唤起热忱。他们衷心为教义献身，准备为抽象的思辨理念而牺牲自己的财产和生命。

英国宗教仪式仍然保存了原有的形式和典仪，有许多地方类似于古老宗教，因此更趋向于跟天主教和解，保留国教。女王禁止在宗教模式上自立门户，同时新仪式在每一方面都排除了有悖于天主教的仪式。因此，即使是身为罗马天主教的忠诚信徒都可以毫不踟蹰地参加国教仪式。如果伊丽莎白只顾自己的宗教倾向，国民信仰的外表仍然会介于新旧两教之间。她热爱邦国及其荣耀，一切举措无不受此影响；由此，天主教的浮华盛大对她颇有吸引力。她仅仅是因为迁就自己一党的偏见，才放弃了圣像、向圣徒陈词和为死者祈祷的做法。某些外国君主出面斡旋，希望为罗马天主教徒争取在若干市镇建立独立教会的特权，但女王不予批准。她声称：宽容异教，显然有扰乱邦国和平的危险。

女王和国会一面着手解决国教问题，一面继续议和。和会首先在塞坎姆举行，后来移至康布雷城堡；法兰西、西班牙和英格兰大臣在会议上协商。伊丽莎白处理对外交涉事务，显得同样审慎，却没有获得同样的成功。菲利普竭尽全力，谋求归还加莱。一方面，他在道义上有责任弥补英格兰的损失，因为后者卷入战争，完全是因为他的缘故；另一方面，法兰西在低地边境虎视眈眈，他的利益攸关，务求除此肘腋之患。只要他仍然怀有向女王求婚的打算，就不会同法兰西的亨利达成和议。甚至在英格兰改革宗教，使得这种希望完全断绝以后，他的大臣仍然讽示女王：西班牙的求婚既合情合理，又光荣体面。如果她保证在六年内维系英西联盟，继续反对法兰西的亨利，虽然西班牙与法兰西的和平条款已经一一拟定，他仍然愿意继续作战，直到女王获得满意的和平条件。但伊丽莎白咨询大臣后，明智地拒绝了菲利普的提议。

她明白：王国财政岌岌可危，父王、王兄、王姐负债累累；内政处处紊乱，国民各立朋党，易动难安。她断定：王国至少需要若干年的和平，才能恢复繁荣；只有到那时，她才能扬威异域、定霸万邦。她非常清楚：法兰西的亨利视加莱为命脉，当前不可能通过条约收复。因此，她宁愿丧失加莱，也不愿意依附西班牙。因此，她命令英国使臣艾芬汉姆勋爵、伊利主教、沃顿博士结束谈判，且根据任何合理条件与法王亨利缔结和约。亨利提议：将法兰西王太子的长女许配给伊丽莎白的长子，以归还加莱为公主的嫁妆。但女王明白：举世皆知，这样的条款易于规避。因此她坚持更公正，至少是表面上更合理的谈判条件。

最后，双方议定：亨利应该在八年内归还加莱。如果他未能如期归还，就应该赔偿女王五十万克朗，加莱名义上仍然属于女王。亨利应该找到七八个外国商人（不能是法国商人），为这笔钱作保而且交出五名人质，保证条约执行。如果伊丽莎白在此期间对法兰西或苏格兰开衅，就要丧失她对加莱的所有权利；但亨利如果向伊丽莎白开战，就应该立刻交还加莱城堡。对此，任何有洞察力的人都能看出：这些条款不过是放弃加莱的粉饰，但他们原谅女王，因为她有不得已的苦衷。他们甚至颂扬女王的审慎，因为她不作无谓的斗争，就屈服于不可避免的结局。英格兰一旦对法兰西议和，对苏格兰议和就是顺理成章的后果。